St. Gertrud wurde zu Beginn des 15. Jahrhunderts vor den Toren der Stadt als Teil einer Herberge erbaut, in der Reisende nach der Schließung der Stadttore übernachten konnten. Nach einer Legende soll der zwölfeckige Zentralbau eine Nachbildung des Grabeskirche in Jerusalem darstellen, die Herzog Wartislaw IX. als Pilger besucht hatte. Zwar kann eine Pilgerreise des Herzogs Wartislaws IX. (1400–1457) nicht belegt, aber doch für die Jahre 1418/1419 vermutet werden, und so ist die anschließende Stiftung eines Gertrudenhospitals in seiner Residenzstadt Wolgast naheliegend. Gertrudenkapellen waren in ganz Norddeutschland verbreitet, von dieser Bauart ist St. Gertrud in Wolgast die letzte auf deutschem Boden.

Seit dem 18. Jahrhundert diente sie als Friedhofskapelle.
Seit der Friedhof und die Kapelle 1975 in städtisches Eigentum übergingen, wurde die Kapelle nur noch sporadisch für Andachten, Trauerfeiern und Konzerte genutzt. Um dem immer deutlicher zutage tretenden Verfall zu begegnen, wurden 1996 Dach und Dachreiter, der Innenraum musste jedoch noch warten. 2003 gründete sich dann ein Förderverein, der das große Ziel, die Kapelle grundlegend zu sanieren, beharrlich verfolgte. Durch Fördergelder und die Hilfe der Stadt konnten diese Arbeiten schließlich auch begonnen und im Frühjahr 2020 abgeschlossen werden. 
Seitdem wird die Kapelle ehrenamtlich an 2 Tagen in der Woche (von Mai - Oktober) für Besucher geöffnet, steht für die Nutzung als Trauerhalle wieder zur Verfügung und wird in den Sommermonaten auch regelmäßig als kultureller Veranstaltungsort genutzt.
Interessenten melden sich bitte in der Wolgast-Information (Tel: 0 38 36 - 60 01 18) oder im Museum (Tel: 0 38 36 - 20 30 41)

Die Abbildung rechts zeigt eine historische Aufnahme des  Innenraums der Kirche.