Die St. Jürgen Kapelle wurde 1380 außerhalb der damaligen Stadtgrenze als Hospitalkirche erbaut, Namenspatron ist der Hlg. Georg, auf Niederdeutsch Jürgen. Ihre erstmalige Erwähnung findet sich anlässlich einer in einem Stralsunder Testament niedergelegten Stiftung 1420 - so auch die Jahreszahl auf der Wetterfahne. Sie diente zunächst als Andachts- und Wohnhaus für Lepröse, ab 1400, als diese Krankheit in Europa nicht mehr auftrat, als allgemeine Pflegestätte für Kranke, Arme, Sieche und Fremde. Nicht nur das noch bestehende Gebäude, sondern ein Ensemble weiterer Bauten muss dazugedacht werden.

Der derzeitige Bau stammt wohl aus dem 15. Jh. Umfangreiche Wiederherstellungen der Kapelle sind für die Jahre 1592 (unter Herzog Ernst Ludwig) und für 1672 bezeugt. Dabei wurde Kapelle, entsprechend den neueren Anforderungen an ein Hospital, umgebaut. 1710 wurde das Spital zum Pesthaus und der Friedhof zum Pestfriedhof (danach länger nicht genutzt). In der ersten Hälfte des 18. Jh. war St. Jürgen nachweisbar auch in einzelne Stuben, Küche und Kellerräume aufgeteilt – vermutlich vergleichbar mit St. Jürgen Barth (Niederdeutsches Bibelzentrum, da ist dieser Zustand mit Zimmern etc. und Kapelle erhalten). Von Johann Bötticher, Rektor der Wolgaster Stadtschule und Geschichtsschreiber von Wolgast, ist eine Beschreibung der damaligen Einrichtung erhalten. St. Jürgen entwickelte sich später zur Armen- und Begräbniskirche für die Bewohner der Bauwieck, der damaligen nordwestlichen Vorstadt (heutige Wilhelmstr. und Umfeld).

Eine Kanzel der damaligen Ausstattung ist bezeugt und der Totentanz-Zyklus soll zu jener Zeit auch schon von St. Gertruden nach St. Jürgen gebracht worden sein (unsicher). Ab 1940 diente St. Jürgen als Kriegsgefangenenlager. Nach dem Krieg fanden bis 1953 Wiederherstellungsarbeiten statt, seitdem dient St. Jürgen als Winterkirche und Veranstaltungsraum für die Kirchengemeinde und kirchliche Gruppen. Anfang der 1970 Jahre wurden durch die damalige Junge Gemeinde weitere Arbeiten durchgeführt. Das farbige Fenster der Ostwand, Christopherus mit dem Jesusknaben darstellend, stammt aus dem 20. Jh. - die Bleiverglasung wurde von Erich Kliefert (Stralsund) ausgeführt -. Ansonsten begegnet uns eine durchweg schlichte Ausstattung. Um den ehemaligen Friedhof sind noch Reste einer Feldsteinmauer aus dem 16. Jh. und zwei rundbogige Friedhofsportale aus Backstein erhalten.
Seit dem Jahre 2003 ruft von ihr aus auch wieder eine einzelne Glocke zu Andacht und Gebet.

Am 13. Juni 2021 wurde die Kapelle Opfer eines Brandanschlags, bei dem Teile der Ausstattung starken Schaden nahmen. 

Nur durch das schnelle Eingreifen der Feuerwehr konnte das Übergreifen der Flammen auf den Dachstuhl verhindert werden. Im Zuge der anschließenden Sanierung wurden Maler- und umfangreiche Elektroarbeiten durchgeführt, ein neues Gestühl erworben, die sakrale Ausstattung komplettiert und die Orgel grundlegend gereinigt. Am 2. Advent 2022 fand dann die Heimkehr der Gemeinde nach St. Jürgen statt.

Für 2024 sind weitere Arbeiten geplant, in deren Zuge ein "Begegnungszentrum der Generationen" entstehen soll, welches durch einen Neubau mit Gemeinderaum, Küche und Sanitärräumen dann weitaus vielfältiger genutzt und durch die Schaffung von Parkplätzen auch erreicht werden kann. 

Die Kirche ist derzeit nur zu Gottesdiensten und Gemeindeveranstaltungen geöffnet.