St. Gertrud wurde zu Beginn des 15. Jahrhunderts vor den Toren der Stadt als Teil einer Herberge erbaut, in der Reisende nach der Schließung der Stadttore übernachten konnten. Nach einer Legende soll der zwölfeckige Zentralbau eine Nachbildung des Grabeskirche in Jerusalem darstellen, die Herzog Wartislaw IX. als Pilger besucht hatte. Zwar kann eine Pilgerreise des Herzogs Wartislaws IX. (1400–1457) nicht belegt, aber doch für die Jahre 1418/1419 vermutet werden, die anschließende Stiftung eines Gertrudenhospitals in seiner Residenzstadt Wolgast ist naheliegend. Gertrudenkapellen waren in ganz Norddeutschland verbreitet, von dieser Bauart ist St. Gertrud in Wolgast die letzte auf deutschem Boden.

Seit dem 18. Jahrhundert diente sie als Friedhofskapelle.
Seit der Friedhof und die Kapelle 1975 in städtisches Eigentum übergegangen sind, wird die Kapelle nur sporadisch für Andachten, Trauerfeiern und Konzerte genutzt. Dach und Dachreiter wurden 1996 erneuert, der Innenraum wartet auf eine Sanierung, die 2017/18 erfolgen wird.
In deren Vorbereitung bemüht sich ein im Jahre 2003 gegründeter Förderverein derzeit um ein schlüssiges Nutzungskonzept, welches die vielfältigen Möglichkeiten im Blick haben soll.
Die Gertrudenkapelle ist nicht geöffnet. Interessenten melden sich in der Wolgast-Information (Tel: 0 38 36/60 01 18) oder im Museum (Tel: 0 38 36/20 30 41)

Die Abbildung rechts zeigt den Innenraum der Kirche.